No novo sistema de IRS automático o cálculo de imposto a pagar é feito com base no cruzamento de dados comunicados à AT, através das faturas com NIF e comunicações das entidades empregadoras. No entanto, apesar de este novo sistema não necessitar de tantas inspeções por parte das Finanças, podem, contudo, haver fiscalizações em casos particulares, como é o caso dos contribuintes que tenham rendimentos simultâneos em Portugal e no estrangeiro, podendo os contribuintes terem de comprovar os rendimentos obtidos fora de Portugal, visto não se encontrarem previamente preenchidos pelo Fisco.
